目標微生物的類型不同類型的微生物在細胞結構，生理特征，體內代謝等方面存在差異，并且存在一些差異，如細菌和真菌之間，前者屬于原核生物，后者屬于真核生物，前細胞壁主要成分是肽聚糖，后者的細胞壁主要由幾丁質組成。一些差異很小，就像一個屬的各種細菌。由于存在這些差異，各種微生物對滅菌劑的反應并不相同：
1.細胞壁組成的差異影響細胞進入滅菌劑的難度；
2.質膜結構的差異導致膜與材料的滲透性差異，這對殺菌劑是否可以順利地接觸作用部位具有顯著影響；
3.在微生物細胞的代謝途徑中是否存在滅菌劑的攻擊點，并且該作用點對微生物不是“致命的”，這與殺菌效果的存在與否有關；
4.某些類型的微生物具有分解殺菌劑，特別是有機滅菌劑的能力，使滅菌劑無效；
5.有些微生物也會對某些滅菌劑產生抗藥性。
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