目前使用的殺菌劑，其主要作用是阻止病菌孢子萌發或侵入植物體，阻止已侵入的病菌產生新的繁殖體。有的殺菌劑只有第一種作用，如代森鋅、硫酸銅、石灰、石硫合劑等。有的有兩個或三個作用，如三環唑、多菌靈、粉銹寧、葉青雙等，多為內吸殺菌劑，它們不但在植物體外也可以在植物體內控制住病原菌，使病害不再擴展。因此，在使用殺菌劑前，一定要弄清殺菌劑的作用機制，然后根據不同作物病害對癥選擇使用。在眾多的殺菌劑中，大體可分為以下三類：
1．鏟除性殺菌劑。指能直接殺死入侵前病菌的藥劑，常用于消毒，不直接用于作物上。據觀察，粉銹唑對植物銹病、白粉病，在使用得當時，具有明顯的鏟除作用。
2．治療性殺菌劑。是在病菌已經侵入植物并顯現出癥狀，但尚未造成危害的階段使用，能抑制病菌的蔓延、擴散，或能直接殺死植物體內的病菌。這類藥大多數在植物上具有很好的內吸、傳導性，可以從表皮滲入，并擴散到葉、莖等各部位。如多菌靈、舂雷霉素、托布津、三乙磷酸鋁、甲基托布津、咪鮮胺、氟嗎啉、十三嗎啉、三環唑、惡霉靈、嘧霉胺、霜脲氰等均屬于此類。如果植物已經發病嚴重并造成一定損失，再噴灑治療性殺菌劑防治效果較低。
3．保護性殺菌劑。保護性殺菌劑僅對作物起保護作用，主要是用于防治病害的侵入，噴施后在作物表面形成一層保護膜，以防止病害和葉片接觸。若病菌已經侵入，正處于潛育階段，保護性殺菌劑則不起作用。因此，保護性殺菌劑最好在病害發生之前或發生初期使用，噴藥后才可以收到保護作物不受危害的作用。在常見的殺菌劑農藥中如銅制劑（波爾多液）、硫制劑（石硫合劑）、代森鋅、代森錳鋅、福美雙、克菌丹、敵克松、百菌清、防霉靈、乙烯菌核利等屬于這一類。
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